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你听过用BLAST来搜索文献么?就跟用洗衣机上网差不多……
2019-05-14 14:50   来源: 丁香通  点击次数: 关键词: BLAST 检索文献 PubMed

要是就只知道一句话的话,是不是能搜到文献呢?这个实际上就已经不能用普通的PubMed来进行搜索了。我们可以考虑使用BLAST来搜论文。

Blast你应该是知道的吧,就是用一段序列来搜索比对相类似的序列:

实际上文章中的句子,也是单词序列有机的排列,所以就有了这么一种工具,Hello Blast:

一种搜索文献的BLAST,我从PubMed上随便找了篇最近的文章,选了摘要里的句子:

然后bia到Hello Blast里,去进行文献的搜索:

和普通的BLAST一样,对于句子的序列进行分析后,就获得了相类似的文献:

当然,还会呈现出这句句子与文献间的相关系数。如果你熟悉PubMed的话,应该会说:哇,学霸君,PubMed的搜索里,也有一个类似的功能,就是通过文章中的关键词,来显示Similar articles:

但由于仅限于关键词或者Mesh词的搜索,得到的相似文献可能与你要寻找的文献没什么特别大的关联。

而Hello Blast还有点小功能,就是能分析搜到的这些相似论文的关键词的词频,对相关的论文进行高频词的分析,让你快速了解你搜的这句话里包含了多少相关的文献信息:

甚至还能搜与这句话相关的作者,挖掘潜在的合作或者竞争者

要是有兴趣的话,就来试试看吧,用一句句子来搜索文献吧~

编辑: dxy_k71rapz2

 

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